Erste Siedlungen am Bodensee lassen sich urkundlich im 8. Jahrhundert nachweisen, wobei das heutige obere Landkreisgebiet zum Alpgau, das untere größtenteils zum Argengau gehörte, der urkundlich erstmals 770 n. Chr. erwähnt wird.
Einer der wichtigsten Herrschaftsträger weit und breit war das Kloster St. Gallen, das Grundeigentum in Wasserburg, Weiler, Lindenberg und Scheidegg besaß. Nach dem Abstieg des Klosters im 13. und 14. Jahrhundert fand eine Herrschaftsumbildung statt, wobei weite Teile des Landkreisgebietes an das Erzhaus Österreich fiel. Die damals schon freie Reichsstadt Lindau dehnte sich zum Teil über das noch heute bestehende Heilig - Geist - Spital hinaus. Dabei entstanden auch die inneren und äußeren Gerichte der Stadt.
Von großer Bedeutung für das heutige Landkreisgebiet war das Haus Montfort, das durch einen Teilungsvertrag im Jahre 1534 die heutige Grenze zu Österreich festlegte. Es fanden noch einige weitere Landverschiebungen statt, bei denen die Herrschaft Hohenegg und das Kloster St. Gallen Einflußträger waren, ehe die Grenzen wie sie heute vorzufinden sind, feststanden.
Die Farben weiß - blau für Bayern darf der Landkreis seit dem Preßburger Frieden 1805 tragen, was sich bekanntlich bis heute nicht geändert hat. Nur kurz stand der Landkreis Lindau unter französischer Verwaltung, als die Region im zweiten Weltkrieg als einzige in Bayern der französischen Zone zugeteilt wurde.
